تؤمن الإدارة العليا لمعاهد العبور منذ عام 1999بأن الخدمة التعليمية المتميزة تعتمد على مطلبين رئيسيين وهما (1) جودة النظم الإدارية و(2) جودة البيئة التعليمية. ولقد تطلب إنشاء الهياكل الأولى لإدارات المعاهد اربع سنوات حتى عام 2003 - عام تخرج الدفعة الاولى من طلاب المعاهد فى الشعب المختلفة.

وإنطلاقا من مبادئ الإدارة العليا نحو إنشاء إدارات تؤدى عملها على مستوى عال من الكفاءة فلقد تبنت الإدارة مفهوم ضمان الجودة من خلال التوجه نحو الحصول على شهادتى الأيزو 9001 لسنة 2000 و14001 لسنة 2004 مع الشريك الثالث - وهى الشركة المحلية المسؤلة عن إعداد وتأهيل الكوادر الادارية ( OQS-EGYPT) كوكيل حصرى لشركة ( OQS-AUSTRIA ) ومقرها النمسا - والتى تعد أحد كبرى الشركات الأوروبية المانحة لشهادة الأيزو تحت مظلة الهيئة الدولية للقياس.

وعلى مدارعام كامل تلقى عدد من العناصر الإدارية مجموعة من البرامج التدريبية والتأهيلية على متطلبات إنشاء وصيانة نظم الأيزو تحت إشراف مجموعة من الخبراء المتخصصين وتم تلافى كافة جوانب النقص والقصور فى النظام الإدارى القديم وحددت أهداف الجودة من خلال التوجه نحو العميل، تحقيق رضاء الأطراف المعنية، تطوير وميكنة النظم الإدارية، التوسع فى المساحات الخضراء وتوفير عناصر سلامة النظام البيئى.

وفى فبراير 2006 إستقبلت الإدارة العليا فريق المراجعة الخارجية المكلف من شركة (OQS-AUSTRIA) والذى قام بمراجعة النظم الادارية والبيئية والتأكد من توافر عناصر منح شهادة الأيزو العالمية, وإنتهت المراجعات إلى منح معاهد العبور شهادتى الأيزو 9001 لسنة 2000 و14001لسنة 2004 كأول معهد مصرى عالى يحصل على هذه الشهادة رفيعة المستوى, ثم تجديدها فى عام 2009.

ولقد ظهرت نتائج تطبيق نظم الجودة بالمعاهد على الأنشطة التعليمية من خلال التطور المستمر فى الوسائل التعليمية وخطة الدراسة والمناهج هذا بالإضافة إلى عمليات تطوير البرامج التدريبية للطلاب والتى تمكن الطالب حالياً من الحصول على شهادة البكالوريوس بالإضافة لشهادة جامعة ميتشجن الأمريكية فى اللغة الإنجليزية والرخصة الدولية لقيادة الحاسب الاَلى ICDL ومجموعة أخرى من البرامج التدريبية المتنوعة.